京东药业建立了完善的质量管理体系，质量负责人在总经理的直接领导下管理质量团队，设置有质量保证部、质量控制中心，分别履行质量管理、质量监督和质量检验的职责。

质量控制中心，配备有齐全、先进的检测仪器及符合数据可靠性要求的网络版数据处理系统等，建立了检验管理规程和产品质量检验规程，配备了经培训、考核符合要求的检验队伍，规范有序地组织原辅包装材料、中间体、成品的检验工作，确保产品质量检验数据的准确可靠。

公司严格按照GMP、ISO9001的要求和完善质量管理手册和管理程序，以GMP为准则，规范和完善各项生产、质量管理程序，配有专职的QA队伍；组织开展全员培训与再培训，注重人员素质的提高；从供应商评估、物料入库验收、生产过程、质量检验、产品放行、销售、客户服务等全过程实行管理与监督，组织日常现场检查，组织偏差处理、变更控制，每年进行产品质量年度质量回顾与趋势分析，定期组织GMP/ISO9001自检，通过纠正预防措施实现持续改进，保证产品质量。

自 2018 年起，内蒙古工厂共接待客户审计 110+次，并通过国家药监局和内蒙古自治区药监局药品注册和 GMP 二合一动态检查。